در اقتصادهای دانش بنیان، علم و فناوری اهمیتی برتر از کار و سرمایه یافته است. از این رو، اکنون راهبردهای کلان علم و فناوری در سطوح ملی و بین المللی با دقت بررسی و در چارچوب طرح های میان مدت و بلندمدت، تدوین، اجرا و پایش می شود. نکته مهم، درک واقعی و بی طرفانه نقطه عزیمت و وضع موجود است که پایگاه علم و فناوری کشور نامیده می شود. هدف پژوهش حاضر، در وهله نخست تعیین حدود نسبی این پایگاه و سپس بیان پیشنهادهایی برای درج در بخش علم و فناوری برنامه های توسعه در قالب هسته های جهت دهنده است. پرسش اساسی مقاله حاضر این است که وضعیت پایگاه علم و فناوری، با توجه به الگوی چهارگانه ای که در مقاله حاضر مطرح شده است، چگونه است؟ آیا این وضعیت، بیانگر وجود مشکلات، آسیب ها و عدم تعادل هایی در نظام علم و فناوری در سطح ملی است؟ روش پژوهش، بررسی و تحلیل آماری و نیز تحلیل محتوای کیفی است که در کنار آن یک، پژوهش آسیب شناختی نیز در حوزه علم و فناوری انجام شده است. یافته ها در قالب داده های منظم از بررسی آماری و نیز گزارش آسیب شناختی، بیانگر برخی گسست ها و عدم تعادل ها در این حوزه است. جزیره ای شدن، عدم هماهنگی و انسجام نهادهای سیاستگذاری، ضعف رابطه بین رشد علم و تولید، عدم توان جذب سهم پژوهش از تولید ناخالص داخلی، از جمله عدم تعادل های مذکور است. در پایان، نگارنده الگوی مطلوبی پیشنهاد کرده و در پیوست مقاله نیز بسته پیشنهادی سیاستی، به طور مدون بیان شده است.