ممکن است مهمترین عوامل ایجاد انشعاب در مذهب و فرقهاى دینى، اختلافات فکرى، دورى از آرمانهاى اولیه، تفاسیر متفاوت از نصوص دینى، اختلاف در جانشینى و جاهطلبى برخى رهبران دانسته شود، ولى آنچه در این مجال به عنوان یکى از عوامل ایجاد انشعاب در فرقههاى دینى، بهخصوص در دوران معاصر تلقى شده، روابط معادلات سیاسى است که بر اساس آن، یا دولتمردان، تأسیس و حمایت از انشعابى را وسیلهاى براى دستیابى به منافع و مقاصد سیاسى خود مىدانند و یا برخى از رهبران مذهبى با استفاده از فرصتها و تهدیداتى که در عرصه معادلات و روابط سیاسى بین دولتمردان داخلى و خارجى واقع مىشود، در صدد تحصیل اقتدار مذهبى یا سیاسى براى خود مىباشند. در این تحقیق، سعى شده با بررسى و تحلیل عواملى چون جریانهاى حاکم در دربار قاجار، اوضاع داخلى ایران، روابط ایران و انگلستان و منافع و مقاصد انگلستان در هند و جهان اسلام، به چگونگى تشکیل و تکوین فرقه آقاخانیه پرداخته شود.
مانى، پیامبر ایران باستان، در ابتداى تشکیل حکومت ساسانى ظهور کرد. وى با آمیختن ادیان مختلف چون مسیحیت، یهودیت، بودایى و هندو، توانست به آسانى با فرهنگ و آداب و رسوم مردم هر منطقه نزدیکى یافته و پیروان فراوانى بیابد، اما در مقابله با موبدان زرتشتى شکست خورد و سرانجام با سعایت آنان کشته شد و مانویت نیز در انزوا فرو رفت. فتح اعراب و ورود اسلام به ایران، مرحله جدیدى براى فعالیت تازه مانویان فراهم نمود. دو قرن اول هجرى، مجالى براى آشنایى و نزدیکى پیروان مانى با اسلام و نحلههاى آن به وجود آورد. در پروهش ذیل، حیات سیاسى مانویان در دوره اسلامى و سازماندهى رهبرى در این فرقه و نیز تأثیر آنان بر اوضاع اجتماعى مسلمانان بررسى شده است.