ریشه یابی تشکیل خانقاه ها در ایران، از اهمیت بسزایی برخوردار است. از رهگذر ابداع هدفمند خانقاه هاست که عرفان و تصوف در قلمرو اسلامی شرح و بسط می یابد و بخش مهمی از فرهنگ ایران را در طی چند قرن شکل می دهد. ریشه یابی ساخت خانقاه های اولیه، پیوند عرفان با ادیان و تفکرات مختلف و نیز تغییر و تحولات اجتماعی را روشن می کند. این پیوندها و تحولات سبب می شوند که تفکر صوفیانه ببالد و به درختی تنومند در گستره فرهنگ ایران تبدیل شود. در این نوشتار، ابتدا به ریشه واژگانی کلمه خانقاه پرداخته شده و سپس ریشه های تأسیس آن در ایران از دیدگاه های گوناگون، مشتمل بر ریشه های اسلامی و غیراسلامی و نیز ریشه های مستقل مورد بررسی قرار می گیرد. این تحقیق از منابع کتابخانه ای و روش توصیفی - تحلیلی برای بررسی و طبقه بندی آرای محققان در باب ریشه های خانقاه در ایران بهره برده و تلاش نموده تا پیچیدگی روابط میان این پیوند ها را آشکار کند.