با ظهور سلسله صفویه، بناهای زیادی با کارکردهای مختلف در آذربایجان ساخته شد. معماری اسلامی آذربایجان در این دوره از معماری بومی نیز تأثیر بسیار پذیرفته و موجب ساخت بناهایی ماندگار چون بقعه شیخ صفی الدین اردبیلی، مساجد چوبی و کاروانسراها شده است. شناسایی و بررسی باستان شناختی این بناها برای دست یابی به یک شناخت کامل تر و عمیق تر هنر معماری این دوره مشخص می شود. هدف از انجام این پژوهش بررسی و تحلیل ویژگی های هویتی معماری اسلامی آذربایجان، شناخت روندهای تزیینی و نوآوری ها است. روش تحقیق نیز به صورت مطالعات کتابخانه ای، بررسی اسناد و گزارش های باستان شناسی و تحقیقات میدانی می باشد. بناهایی که بررسی خواهد شد به عنوان مهم ترین این بناها انتخاب شده است. با توجه به تحقیقات صورت گرفته مشخص شد که سبک معماری آذربایجان در دوره صفویه به شیوه سبک اصفهانی می باشد که از مهم ترین ویژگی های آن می توان به رواج کاشی هفت رنگ که در بقعه شیخ صفی الدین به کرات مشاهده می شود، همچنین ساخت کوشک های چهل ستونی که مساجد چوبی آذربایجان شرقی بهترین نمونه های این نوع بناها در آذربایجان هستند و الگوی ساخت کاخ های صفوی می باشند. و ساخت کاروانسراها که در آذربایجان رواج بسیار یافت که نشانگر شکوفایی تجارت در این دوره می باشد، اشاره کرد. بقعه شیخ صفی الدین و مساجد چوبی که از مهم ترین این بناها در آذربایجان هستند، نمونه بارزی از بناهایی که در جای جای خود نشانه هایی از هویت دینی صفویان را به تصویر می کشند، می باشند.