سازمان های مردم نهاد زیست محیطی از مراکزی هستند که می توانند مشارکت های مردمی را در حفاظت از محیط زیست جهت دهی و هدایت کرده، با متمرکز نمودن تلاش های فردی و جمعی، بازدهی ها را افزایش دهند. این نوع سازمان ها در چند دهه اخیر رشد کمی چشمگیر داشته اند، اما رشد کیفی این سازمان ها نتوانسته است منحنی رو به بالایی داشته باشد. از این رو، هدف تحقیق پیمایشی حاضر شناسایی و تحلیل چالش های فراروی این سازمان ها بود. نمونه آماری تحقیق حاضر، ۳۹ نفر از کارشناسان و فعالان این عرصه در سراسر کشور بوده است. ابزار پژوهش پرسش نامه محقق ساخته بوده است. تحلیل داده ها با استفاده از نرم افزار آماری spss صورت گرفت. در نهایت طبق نتایج پژوهش چالش های مهم این سازمانها ارتباط ناکافی سازمان حفاظت محیط زیست با سازمان های مردم نهاد زیست محیطی، مشکلات ثبتی در وزارت کشور، ناتوانی قوانین موجود از ارایه تعریفی روشن از ارتباط بین تشکل ها و دولت، مشکلات و محدودیت های تشکل ها در ارتباط با کار گروهی، ارتباط ضعیف و یا ناکافی با تشکل های خیریه ای سنتی، فقدان سیاست های عملی و راهبردهای کاربردی توسط دولت و در نهایت کمبود و ضعف منابع مالی در ساختار سازمان های مردم نهاد بودند.