آیات متشابه در طول تاریخ علوم اسلامی از جمله مباحث چالش برانگیز بوده است. صدرالمتألّهین شیرازی در اصول هستی شناسی خود قائل به نظریه توحید خاصّی در مقابل دیدگاه توحید عامی است. وی معتقد است بدون آنکه نیازی به تأویل آیات متشابه یا قول به تجسم در باب ذات باری تعالی باشد می توان بر مبنای اصول فلسفی عرفانی دیدگاه توحید خاصّی ظواهر الفاظ آیات را حفظ کرد و همه آیات متشابه را بر ظاهر معنای آنها حمل کرد. اما بر مبنای نظریه توحید عامی نمی توان آیات متشابه را بر ظاهر الفاظ حمل کرد، بلکه یا باید آنها را تأویل کرد، یا قول به تجسم در باب واجب الوجود را پذیرفت. با توجه به چندتباری بودنِ مسئله متشابهات قرآن، ملاصدرا در این مسئله رهیافت میان رشته ای اخذ کرده است.
