از زمان نزول قرآن در موضوع وحى شبهه هایى مطرح و براساس معیارهاى درون دینى و برون دینى پاسخ هایى نیز ارائه شده است.
ارتباط میان انسان به عنوان مادّه سفلى با عالم عُلیا، نوع این ارتباط به لحاظ قالب الفاظ و قالب معنا، سنخ القاى آن بر پیامبران الهى و به صورت خاصّى بر پیامبر خاتم 9، تجربى بودن پدیده وحى و قابلیّت بسط و گسترش آن، معانى متعدّد وحى و یا کاربردهاى متعدّد از یکمعنى واحد براى وحى از جمله شبهاتى است که به صورت پرسشى مطرح، و تنى چند از اساتید دانشگاه پاسخ داده اند.
در خصوص پیامبر خاتم 9 الفاظ و معانى قرآن، هر دو از جانب خداوند بر قلب رسول اکرم 9 نازل شده و پیامبر 9 براى بازگو کردن عین الفاظ نازل شده شتاب مى کرده اند. در قرآن تصریحاتى به نزول لفظى و معنایى وجود دارد.
قول ثقیل، تحدّى قرآن نیز از مباحث مطرح شده مى باشد.
دکتر ذهبی در کتاب التفسیر و المفسرون از تأویلات نقل شده از ائمه اطهار(ع) در مجامع روایی و تفسیری شیعه انتقاد کرده است. مقاله حاضر در پاسخ این انتقاد ضمن تبیین دو مفهوم متفاوت تأویل، به بررسی آرای ذهبی در مورد فوق پرداخته است: 1)تأویل در برابر تفسیر؛ این تأویل در حوزه معانی و مفاهیم کاربرد دارد. 2)تأویل در برابر تنزیل؛ این تأویل مربوط به مصادیق است. مؤلف معتقد است تأویلات وارد شده از ائمه در منابع شیعه ریشه در چنین اصطلاحی دارد. این اصطلاح علاوه بر مستندات روایی خاص شیعه، مستندات قرآنی هم دارد و در کلمات دانشمندان فریقین نیز پذیرفته شده است.
یکی از ابعاد اعجاز قرآن، پیشگویی از آینده است. در این میان خبر غیبی غلبه روم بر فارس در سوره روم، از جهات گوناگون نظیر: زمان نزول، شأن نزول، مکان آن، علت شادی مسلمانان مورد اختلاف آراء اندیشمندان است. این تحقیق با طرح مواضع اختلافی و بررسی آنها با بیان ادله متقن و مستدل در صدد رفع اختلاف ها برآمده، تفسیری صحیح از این آیه ارائه داده است. سوره روم از نظر ترتیب هشتاد و پنجمین سوره و از سوره های مکی است. تطبیق تاریخی نیز بازه زمانی بین شکست و پیروزی را هفت سال، طرف درگیر را فارس، زمان شکست را سال هفتم بعثت و پیروزی را در سال های پنجم و ششم هجرت، می داند. علت شادی مسلمانان نیز به اثبات حقانیت سخن وحی با پیروزی روم و یقین به تحقق وعده، همزمان با آن برمی گردد. استناد به قرائت حفص از عاصم از دیگر دلایل اثبات ادعا است و مستنداتِ مدنی بودن سوره، به دلیل ضعف سندی و ... مورد نقد قرار گرفته است.
ادعای تناقض در آیات علم غیب، یکی از شبهاتی است که در باره قرآن از سوی باراشر ـ خاورشناس یهودی ـ مطرح شده است. وی معتقد است آیاتی که علم غیب را در انحصار خداوند می داند با آیاتی که از آگاهی پیامبر اکرم| و برخی از برگزیدگان الهی از غیب خبر می دهد، در تناقض است. دسته بندی آیات این موضوع بیانگر آن است که آنچه را قرآن در انحصار خداوند بیان فرموده، «علم غیب ذاتی و مستقل» است و خداوند به مقتضای حکمت و مشیّت خود، برخی از رسولان را به واسطه وحی، از غیب آگاه می نماید تا رسالت ایشان را اثبات و امر تبیین دین را تسهیل نماید. به فرمان الهی پیامبر نیز مامور تعلیم جانشین خود است و این علم در کنار دیگر روش های کسب علم امام نظیر: الهام و تحدیث با فرشتگان، سینه به سینه به اوصیای الهی انتقال می یابد، بی آنکه هیچ یک از آنان ادعای استقلال در علم غیب نمایند.