از زمان نزول قرآن در موضوع وحى شبهه هایى مطرح و براساس معیارهاى درون دینى و برون دینى پاسخ هایى نیز ارائه شده است.
ارتباط میان انسان به عنوان مادّه سفلى با عالم عُلیا، نوع این ارتباط به لحاظ قالب الفاظ و قالب معنا، سنخ القاى آن بر پیامبران الهى و به صورت خاصّى بر پیامبر خاتم 9، تجربى بودن پدیده وحى و قابلیّت بسط و گسترش آن، معانى متعدّد وحى و یا کاربردهاى متعدّد از یکمعنى واحد براى وحى از جمله شبهاتى است که به صورت پرسشى مطرح، و تنى چند از اساتید دانشگاه پاسخ داده اند.
در خصوص پیامبر خاتم 9 الفاظ و معانى قرآن، هر دو از جانب خداوند بر قلب رسول اکرم 9 نازل شده و پیامبر 9 براى بازگو کردن عین الفاظ نازل شده شتاب مى کرده اند. در قرآن تصریحاتى به نزول لفظى و معنایى وجود دارد.
قول ثقیل، تحدّى قرآن نیز از مباحث مطرح شده مى باشد.
