در معرفت شناسی اصلاح شده، بر اساس قابل اعتماد بودن کارکردهای قوای شناختی، گفته می شود که بدون برهان یا شواهد طبیعی می توان به صورت بی واسطه به خداوند باور داشت. برخی از مدافعان علوم شناختی دین نیز در صدد فراهم آوردن شواهدی از علوم شناختی برای تبیین باورهای دینی هستند، به نحوی که نشان دهند به صورت طبیعی در انسان سازوکاری برای شناخت خداوند وجود دارد تا آن را دلیلی بر وجود خدا قرار دهند. در سال های اخیر تلاش هایی برای ترکیب این دو رویکرد و استفاده از نتایج تجربی علوم شناختی در جهت تأیید معرفت شناسی اصلاح شده صورت گرفته است. مقاله پیش رو، ضمن اذعان به برخی شباهت ها بین این دو نظریه، درصدد انکار منتج بودن تلاش هایی است که علوم شناختی دین را مبنایی علمی برای تأیید معرفت شناسی اصلاح شده می دانند. این کار در این مقاله از طریق اشاره و ارائه دلیل به نفع تفاوت های بنیادین این دو نظریه صورت گرفته است. دو استدلال برای نشان دادن تفاوت بنیادین آنها ارائه می شود. استدلال اول مبتنی بر تفاوت در خاستگاه دو نظریه است. طبق این استدلال، ابزار بسیار فعال کشف عامل در علوم شناختی دین یک واسطه، برهان یا شاهد علمی برای اثبات خداست، در حالی که بنای معرفت شناسی اصلاح شده بر کنار گذاشتن این واسطه ها و تبیین معقولیت باور به خدا بدون توسل به برهان است. طبق بیان برخی نظریه پردازان علوم شناختی دین، آنچه موجب سوگیری انسان ها نسبت به عوامل هوشمند می شود، یک ویژگی فرعی و غیرسازگار در چرخه تکاملی انسان است. عده ای از آنها، ایجاد این ویژگی را دلیل بر وجود خدا می دانند، اما فارغ از درست یا غلط بودن این استدلال، سوگیری های شناختی انسان در این استدلال، یک حد وسط و یک قرینه برای اثبات وجود خداست. استدلال دوم پیرامون تفاوت دو نظریه، بر روی نتیجه آنها تأکید می کند. مسئله علوم شناختی دین تولید باور است، در حالی که مسئله معرفت شناسی اصلاح شده عقلانیت باور است. با تمسک به ابزار بسیار فعال کشف عامل صرفاً می توان در مورد چگونگی ایجاد یک باور، صرف نظر از عقلانی بودن آن، اظهارنظر کرد. اما این مقصود معرفت شناسی اصلاح شده را تأمین نمی کند.
