این پژوهش با هدف شناسایی چالش های مدیریت منابع انسانی در بخش دولتی و تأثیر آن بر بهره وری انجام شده است. روش تحقیق، آمیخته اکتشافی است. در بخش کیفی از روش تحقیق روایتی که یکی از روش های تحقیق کیفی است و ابزار مصاحبه نیمه ساختارمند جهت گردآوری داده ها استفاده شده است. مصاحبه ها با 8 نفر از مدیران منابع انسانی و کارشناسان خبره، صورت گرفته است که دارای ویژگی حداقل سه سال سابقه فعالیت در حوزه منابع انسانی در وزارت جهاد و کشاورزی، سازمان امور اداری و استخدامی، سازمان بهزیستی و وزارت علوم، تحقیقات و فناوری بوده اند. نتایج به دست آمده نشان می دهد 31 چالش در حوزه مدیریت منابع انسانی براساس مدل سه شاخگی در سازمان های دولتی وجود دارد که بیشترین فراوانی به دست آمده مربوط به چالش های "نبود نظام مدیریت منابع انسانی یکپارچه"، "سیاست های بالادستی"، "قانون" و "عدم شایسته سالاری" است. در بخش کمی جامعه آماری وزارت علوم تحقیقات و فناوری به عنوان وزارتخانه منتخب با تعداد جامعه 432 نفر درنظر گرفته شده است که ازطریق فرمول کوکران 203 نفر انتخاب شده اند و برای تحلیل داده های کمی و آزمون مدل پژوهش از آزمون مدل معادلات ساختاری استفاده شده است. نتایج پژوهش نشان داد که در هر سه مورد مربوط به چالش های حوزه ساختاری، رفتاری و زمینه ای بیشتر از 96/1 می باشد که می توان گفت عوامل ساختاری، رفتاری و زمینه ای بر بهره وری تأثیر منفی و معنی داری دارند؛ یعنی با افزایش چالش های مرتبط با عوامل ساختاری، رفتاری و زمینه ای، بهره وری کاهش می یابد.
