مطابق طبیعت گرایی روش شناختی تبیین های علمی باید صرفاً از هویات و سازوکارهای طبیعی بهره ببرند و استفاده از هویات فراطبیعی یا گزاره های مبتنی بر وحی در تبیین های علمی مجاز نیست. از سوی دیگر طبیعت گرایی متافیزیکی، رهیافتی وجودشناختی است که مطابق آن هویات موجود در جهان محدود به هویات طبیعی می شوند و باور به آن مستلزم انکار وجود هویات فراطبیعی است. گروهی از فلاسفه معتقدند پذیرش طبیعت گرایی روش شناختی الزامی در باور به طبیعت گرایی متافیزیکی ایجاد نمی کند و این نظریه به عنوان رهیافتی روش شناختی، به لحاظ متافیزیکی خنثی بوده و پایبندی به آن امکان مشارکت عمومی در علم را فراهم می کند؛ ولی گروه دیگر میان این دو نظریه رابطه نزدیکی می بینند و معتقدند میان باور به طبیعت گرایی روش شناختی و متافیزیکی، رابطه ای شبیه استلزام وجود دارد. در این مقاله تلاش شده است تا با ارائه استدلال جدیدی، که مبتنی بر تشریح و تدقیق پیش فرض های طبیعت گرایی روش شناختی از جمله «اصل بستار علّی فیزیک» و «معرفت شناسی قرینه گرایانه» است، نشان داده شود که پذیرش طبیعت گرایی روش شناختی، باور به طبیعت گرایی متافیزیکی را اجتناب ناپذیر می کند و محدود کردن روش علم به روش طبیعت گرایانه با باور دین داران و خداباوران ناسازگار است.