یکی از مهم ترین ابعاد پژوهش و نوآوری مسئولانه، ایجاد الگویی جدید برای حکم رانیِ علم است. به این منظور، در مقاله حاضر به نقد و بررسی الگو های کنونی مدیریت و حکم رانی جوامع علمی پرداخته شده است که ترکیبی از الگو های بوروکراتیک سلسله مراتبی، بازاری و شبکه ای است. این الگو ها با توجه به اقتضائات پژوهش و نوآوری مسئولانه بررسی خواهند شد. اصلی ترین پرسش مقاله حاضر این است که خاستگاه مفهوم «پژوهش و نوآوری مسئولانه» چیست و حکم رانیِ مناسب برای تحقق پژوهش و نوآوری مسئولانه چه ویژگی هایی باید داشته باشد، حکم رانی علم در چارچوب پژوهش و نوآوری مسئولانه چه شروط عملی و مدیریتی ای دارد و این شروط را با چه تغییرات یا تحول هایی در نظام حکم رانی دانشگاه ها در ایران می توان برآورده کرد. برای نیل به این مقصود، با نگاهی تاریخی به الگوهای حکم رانی دانشگاه ها در ایران، به صورت موردی، شیوه های تکوین نظام حکم رانی دانشگاه تهران مطالعه شده است. نتیجه راهبردی پژوهش این است که با توجه به ساختار سست مدیریت دانشگاه ها در ایران و عدم توازن حکم رانی شبکه ای آموزش عالی، مفهوم مدیریت نوین دولتی قادر است مفهوم مسئولیت پذیری و نظام پاسخگویی سلسله مراتبی در دانشگاه ها را به نحوی معتدل احیا کند.