از نیم قرن گذشته تاکنون، آبهای زیرزمینی به یک منبع حیاتی برای تأمین نیازهای آبی بدل شده است. باتوجه به افزایش تقاضا و رقابت بر سر برداشت از آبهای مشترک، حکمرانی و مدیریت این منابع از یک مسأله محلی به یک چالش ملی و بین المللی تغییر پیدا کرده است. پژوهش حاضر با استفاده از شیوه توصیفی- تحلیلی، چالش های حکمرانی بهره برداری از این منابع مشترک شناسایی و به طور خاص، این چالش ها در آبخوان های مشترک ایران بررسی می گردد. در نهایت مشکلات پیش روی ایران در بهره برداری از آبخوان های مشترک تبیین شده و راهکارهای لازم برای مدیریت بهتر بهره برداری از آنها پیشنهاد می گردد. نتایج نشان می دهد که ایران با وجود 11 آبخوان مرزی در شمال غرب و شمال شرق و بحرانی بودن وضعیت 78 درصد منابع آب زیرزمینی خود و همچنین تحرکات منطقه ای کشورهای همسایه، نیازمند اتخاذ رویکردی همکارانه مبتنی بر امنیت انسانی در زمینه آبهای زیرزمینی مشترک است.