نظام های ارزیابی عملکرد وقتی موفق می شوند که شاخص های ارزیابی عملکرد مناسب و خاص آن سازمان انتخاب یا طراحی شده باشند و علاوه بر این، شاخص ها با راهبردهای سازمان در یک راستا بوده و مأموریت، بینش، ارزش ها و جهت های راهبرد سازمان توسط این شاخص ها به سطوح مختلف آن منتقل شوند .شاخص های ارزیابی عملکرد مراکز پژوهشی دفاعی با شاخص های ارزیابی عمل کرد سایر سازمان ها متفاوت بوده و ضرورت دارد که طراحان نظام ارزیابی عملکرد مراکز پژوهشی دفاعی شاخص های خاص این مراکز را طراحی نمایند.
هدف نهایی این تحقیق، طراحی نظام مناسب برای ارزیابی عملکرد مراکز پژوهشی دفاعی است. جامعه ی آماری این تحقیق، 22 نفر از مدیران و کارشناسان عالی شاغل در بخش ارزیابی عملکرد و بخش های مربوط در مراکز پژوهشی دفاعی هستند. خصوصیات انحصاری شاخص های ارزیابی عملکرد مراکز پژوهشی دفاعی آن است که این شاخص ها به ابعاد رشد و یادگیری، فرایندهای داخلی، کارفرمایان و کاربران بیش تر و به جنبه های مالی کم تر توجه می کنند.