در این پژوهش تغییرات بهره وری دانشگاه های صنعتی و جامع با استفاده از شاخص مالم کوئیست مبتنی بر تحلیل پوششی داده ها در دوره زمانی 93-1392 و 94-1393 اندازه گیری شده است. متغیرهای ورودی شامل تعداد اعضای هیئت علمی، تعداد دانشجویان ثبت نامی جدیدالورود، تعداد کارکنان و مخارج کل؛ متغیرهای خروجی نیز شامل تعداد دانشجویان جاری، تعداد دانش آموختگان، درآمد اختصاصی و تعداد مقالات همایشی می شود. همچنین سه الگوی آموزش، پژوهش و کل (آموزش و پژوهش) در این پژوهش تخمین زده شده اند. داده ها با استفاده از نرم افزار Excel سازماندهی و به وسیله نرم افزار DEAP2 مورد تحلیل قرارگرفته اند. میانگین (هندسی) تغییرات بهره وری کل در دانشگاه های صنعتی و جامع در الگوی آموزش، نشان داد، در دوره موردبررسی، بهره وری آموزشی دانشگاه های صنعتی و جامع رشد محسوسی را تجربه نکرده است. عدم رشد بهره وری آموزشی در دانشگاه های صنعتی بیشتر ناشی از تغییرات کارایی فنی و در دانشگاه های جامع نیز بیشتر ناشی از تغییرات فناوری بوده است. میانگین (هندسی) تغییرات بهره وری کل در دانشگاه های صنعتی و جامع در الگوی پژوهش، نشان داد، در دوره موردبررسی، بهره وری پژوهشی دانشگاه های صنعتی و جامع رشد محسوسی را تجربه کرده است. رشد بهره وری پژوهشی دانشگاه های صنعتی و جامع همانند اکثر مطالعات تجربی ناشی از پیشرفت های فناوری بوده است. میانگین تغییرات بهره وری کل در دانشگاه های صنعتی و جامع در الگوی آموزش و پژوهش (الگوی کل)، نشان می دهد در دوره موردبررسی، بهره وری (آموزشی و پژوهشی) دانشگاه های صنعتی و جامع رشد محسوسی را تجربه نکرده است و این عدم رشد در دانشگاه های صنعتی ناشی از کارایی فنی و در دانشگاه های جامع نیز ناشی از تغییرات فناوری بوده است. در هر سه الگو (آموزش، پژوهش و کل) میزان تغییرات فناوری در دانشگاه های صنعتی نسبت به دانشگاه های جامع از وضعیت بهتری برخوردار است؛ که این امر نشان می دهد دانشگاه های صنعتی نسبت به دانشگاه های جامع از فناوری و قابلیت های آن در امر پژوهش بهتر استفاده می کنند. در بین دانشگاه های صنعتی به ترتیب در الگوی آموزش، پژوهش و کل، دانشگاه های صنعتی بیرجند، صنعتی کرمانشاه و صنعتی شیراز، بهترین عملکرد را داشته اند و دانشگاه مهندسی فناوری های نوین قوچان نیز در هر سه الگو، بدترین عملکرد را ثبت کرده است. در بین دانشگاه های جامع نیز به ترتیب در الگوی آموزش، پژوهش و کل، دانشگاه های اهواز، محقق اردبیلی و شهید بهشتی، بهترین عملکرد و دانشگاه گلستان در الگوی آموزش و دانشگاه رازی در دو الگوی دیگر (پژوهش و کل) بدترین عملکرد را داشته اند.