اطمینان از کیفیت مطلوب عملکرد فرآیند ایجاد رشته های دانشگاهی مهمترین مؤلفه برای ادامه حیات هر سازمان است. شناسایی چالش های این فرآیند یکی از راههای مهم برای تضمین کیفیت است. هدف این پژوهش شناسایی چالش های تدوین رشته های جدید در دانشگاه های ایران بود. بدین منظور در پژوهش کیفی حاضر، براساس روش نمونه گیری هدفمند، با اعضای هیئت علمی تدوین کننده رشته در دانشگاه های دولتی اصفهان، تهران و فردوسی مشهد که دارای سابقه، تجربه و علاقه بودند، در سال 1393 مصاحبه ی عمیق به عمل آمد. همه مصاحبه ها ضبط، پیاده و تایپ شد. سپس در نرم افزار مکس کیو دا وارد و کدگذاری، طبقه بندی و توصیف گردید. برای تجزیه و تحلیل داده ها از روش نظریه زمینه ای استفاده شد. پس از مصاحبه با 22 نفر از اعضای هیئت علمی با تجربه در زمینه تدوین رشته، غنای اطلاعات، اشباع نظری و تکرار داده ها حاصل شد. 113 کد از داده های تحقیق استخراج گردید که در دو طبقه اصلی و پنج زیر طبقه با عنوان چالش های کاربردی (ساختاری، مدیریتی و مالی) و کاربردی (علمی – حرفه ای و بین رشته ای) دسته بندی شدند. نتایج تحقیق بیانگر چالش هایی در فرآیند تدوین رشته های دانشگاهی است که این ضعف و چالش ها می تواند یک مانع مهم در رشد و توسعه رشته های دانشگاهی محسوب شود که با ارائه راهکارهای مناسب می توان آنها را مرتفع نمود.