بدون تردید حسابرسی داخلی جایگاه تاثیرگذاری در ساختار راهبری شرکت ها دارد. حسابرسی داخلی با شناسایی به موقع ضعف های با اهمیت در کنترل های داخلی نقش قابل توجهی در کاهش وقوع تقلب، دستکاری اطلاعات، بهبود گزارشگری مالی و افزایش کارایی و اثربخشی در شرکت دارد. پس از تصویب دستورالعمل کنترل های داخلی و منشور حسابرسی داخلی در سال 1391 توسط سازمان بورس و اوارق بهادار، بررسی چالش ها و آسیب های حسابرسی داخلی اهمیت بسزایی پیدا کرده است. بسیاری از صاحب نظران و مدیران این حوزه معتقدند، آسیب های متعددی به خصوص در سالهای اولیه، حسابرسی داخلی را تهدید کرده و مانع از اثربخشی آن شده است. پژوهش حاضر که در زمره پژوهش های پیمایشی است، با انجام مصاحبه و مرور بر پژوهش های گذشته اقدام به تهیه و آزمون پرسشنامه با استفاده از اطلاعات واقعی حسابرسی داخلی نموده است. جامعه و نمونه آماری شامل مدیران و روسای حسابرسی داخلی، خبرگان مالی و اعضای کمیته های حسابرسی شرکت های پذیرفته شده در بورس اوراق بهادار تهران و فرابورس ایران می باشد. تعداد پاسخ دهنده های پرسشنامه ها پس از 3 مرتبه ارسال 88 نفر می باشند. ضعف نظارت سازمان بورس، عدم کفایت حقوق و مزایای حسابرسان داخلی و در نهایت تعلق نگرفتن پاداش آسیب های حسابرسان داخلی است. علاوه بر این آموزش حسابرسان داخلی، آزمون تایید صلاحیت، عدم تصدی مسئولیت همزمان در چند شرکت، بازنگری منشور حسابرسی داخلی، اعطای پاداش، جلسه های مستمر با حسابرسان مستقل و پیگیری نقاط ضعف کنترل های داخلی توسط مجمع عمومی سالیاته از جمله راهکارهای بهبود عملکرد حسابرسی داخلی به حساب می آید.