یکی از چالشهای جدید اختیار که بر پایه برخی یافته های علوم تجربی مطرح شده، آزمایشی است که بنجامین لیبت درباره فرآیندهای مغزی که به قصد و اراده انسان منجر می شوند، انجام داده است. او در این آزمایش به این نتیجه رسید که این چنین نیست که انسان ابتدا اراده کند و بعد مغز به کار بیفتد و فرمان اراده را اجرا کند و در نتیجه آن اندام ها حرکت کنند، بلکه این مغز انسان است که 400 میلی ثانیه قبل از عمل، به صورت ناآگاهانه فرآیند اراده را آغاز می کند و انسان تنها 150 میلی ثانیه قبل از عمل از تصمیم مغز آگاه می شود. ما در این مقاله، آزمایش لیبت درباره اراده آگاهانه انسان را مطرح کرده و با توجه به مبانی ملاصدرا نظیر هویت مجرد مادی نفس، عینت نفس با قوا و سریان آگاهی در تمام مراتب وجود از جمله مرتبه مادی، آگاهانه بودن اراده انسان را تبیین کرده ایم. نتیجه این پژوهش این است که در فلسفه ملاصدرا، آزمایش لیبت ( با فرض صحت آن) منافاتی با اراده آگاهانه انسان ندارد.