روش شناسی آینده پژوهی اسلامی از مباحث پایه ای و اساسی در فرایند تولید دانش آینده پژوهی اسلامی است. تفاوت مبنای معرفت شناسی و هستی شناسی اسلامی موجب می شود روش شناسی آینده پژوهی اسلامی از سایر روش شناسی های موجود در این دانش متفاوت شود. ازین رو، سؤال اصلی این پژوهش این است که روش شناسی آینده پژوهی اسلامی چگونه است؟ هدف این پژوهش نیز ارائه مدلی مفهومی از روش شناسی آینده پژوهی اسلامی مبتنی بر مبانی معرفت شناسی و هستی شناسی اسلامی است. این پژوهش از نظر هدف بنیادی است. شیوه گردآوری داده ها کتابخانه ای بود و به روش توصیفی پیمایشی تحلیل و بررسی شد. مدل روش شناسی آینده پژوهی اسلامی، که در این پژوهش ارائه می شود، ترکیبی از روش شناسی های تحلیلی و تفسیری و شهودی است. هر یک از روش شناسی های فوق در آینده پژوهی اسلامی اهمیتی ویژه دارد و امکان بهره مندی هم زمان از دو یا چند روش به صورت ترکیبی در آینده پژوهی اسلامی نیز وجود دارد.