مدعای اصلی مقاله حاضر این است که امام خمینی در کتاب کشف اسرار از پایگاهی فلسفی برخوردار است و پرسش های مطرح شده از سوی نویسنده ی کتاب اسرار هزار ساله را بر مبنای فلسفه ی خویش پاسخ داده است. مبنای فلسفی مورد بحث در مقاله ی کنونی، نحوه ی ارتباط نفس و بدن در حکمت متعالیه است که امام خمینی در آثار فلسفی خویش به آن پرداخته است. بر اساس این قاعده، نفس علیرغم تعیین کنندگی و برتری، از خود بدن پدید می آید و به آن وابسته است. این ارتباط در اندیشه امام خمینی به ارتباط میان شریعت و سیاست تعمیم داده شده است. سیاست نیازمند شریعت و شریعت نیز محتاج سیاست است. براساس این مبنا می توان توضیح داد که چرا امام خمینی به رغم جائر دانستن حکومت های عصر غیبت، از همکاری با حکومت موجود دفاع می کند؟ چرا ایشان معتقد به حکومت اسلامی است؟ چرا معتقد است که مردم باید برای ایجاد حکومت اسلامی اقدام کنند؟ اما شاید یکی از مهم ترین فواید بررسی مبانی فلسفی امام خمینی در برهه زمانی دهه بیست شمسی این باشد که مواضع عملی و نظری ایشان نه فقط بر اساس جو سیاسی و اجتماعی و فکری حاکم بلکه منبعث از مبانی فکری وی تحلیل می گردد.