هدف این پژوهش، بازمهندسی سازوکار اداره مساجد در سازه ای نظام مند است. برای این منظور از منطق «تحلیل سه لایه ای مسئله» استفاده شده است. این منطق از یک سو به کندوکاو در سه لایه انگاره های معرفتی، ساختارها و قواعد، و رفتار کنشگران می پردازد و از همین رو سازگاری معناداری با مفهوم «بازمهندسی» دارد و از سوی دیگر به سبب ارتباط علّی میان لایه ها، متناظر با مفهوم «نگرش سیستمی» است. به علاوه این بازمهندسی به سبب دلالت بر تغییر رویکرد پیشینی در نگاه به مسجد و مدیریت آن، نوعی خط مشی گذاری فرهنگی در حوزه مساجد به شمار می رود که با عنایت به دینی بودن حکومت در ایران، ثمره عملی این پژوهش در دستیابی به حکمرانی مطلوب راهگشا خواهد بود. در این تحقیق برای بازآفرینی انگاره های معرفتی مخاطبان بالقوه و بالفعل نسبت به مسجد از الگوی «سازمان یادگیرنده»، برای گردآوری اطلاعات از روشهای مطالعات کتابخانه ای، مشاهده مستقیم و مصاحبه عمیق با خبرگان و برای تجزیه و تحلیل اطلاعات از دو روش تحقیق کیفی تحلیل منطقی و تحلیل محتوا استفاده شده است. یافته های تحقیق نیز به تأیید خبرگان رسیده است. در پژوهش برای مدیریت درون مسجدی، ساختار سیستمی مطلوب و الزامات اجرایی آن در قالب ساختاری کاملاً منعطف پیشنهاد شده است. این ساختار، کاملاً بومی و مردمی، و بر گروه محوری استوار است. برای مدیریت میان مسجدی نیز توسعه سلسله مراتبی منطقی از مساجد در قالب خرده سامانه های همکاری-کننده پیشنهاد شده است. این امر تنها زمانی محقق می شود که هیچ نهاد یا سازمان خارجی میداندار مسجد نباشد.