رجعت باوری، جزء مختصات تفکر شیعی است و به دلیل اهمیت آن، پژوهش های فراوانی از سه منظر نقلی، کلامی و فلسفی به تبیین آن پرداخته اند؛ لکن هنوز برخی وجوه آن نیازمند تبیین است. متکلمان با مبنا قرار دادن حکمت و مصلحت الهی، از غرض و فلسفه رجعت پرسیده اند؛ ولی آقای شاه آبادی با براساس مبنای علیّت و انسان شناسی خاص خویش، دو سؤال کلیدی پرسیده است: اول اینکه علت رجعت چیست؛ که به نظر ایشان، رجعت یا علت قابلی دارد یا علت فاعلی؛ دوم اینکه کیفیت رجعت چگونه است؛ که ایشان رجعت را با بدن برزخی می دانند، نه بدن مادی و این محور تفاوت نظر ایشان با علمای سلف است. شاه آبادی با توجه به مبحث علت و معلول صدرایی، علت رجعت را یا ناشی از استعداد می داند، یا استدعا یا استحضار که در هر حال، دو علت فاعلی و قابلی لازم دارد. مقایسه دیدگاه استاد شاه آبادی و فلاسفه دیگر، نظیر رفیعی قزوینی نشان می دهد که بحث ایشان از جهت استفاده از مبانی حکمت متعالیه و استیفای اقسام علل رجعت بر بحث های مرحوم رفیعی قزوینی ارجحیت دارد.