امروزه با توجه به افزایش بسیار زیاد هزینه های توسعه شبکه جاده ای و خیابانی برای استفاده وسایل نقلیه شخصی و پیامدهای منفی وسیع آن، توسعه سیستم های حمل و نقل همگانی به عنوان یک راه حل اصولی برای شهرهای بزرگ محسوب می شود. مسیر یزد- اردکان به عنوان یکی از پرتردد ترین مسیر های بین شهری استان یزد می باشد که بیش از 70 درصد از جمعیت استان در حاشیه این مسیر استقرار یافته اند. و بنا به بررسی های انجام شده توسط نگارنده روزانه بیش از 5000 نفر در این مسیر بین شهری تردد دارند بنابراین، جهت جلوگیری از خطرات و مشکلات احتمالی، قطار بین شهری راهکار مناسبی جهت کاهش هزینه ها، آلودگی، افزایش امنیت و سرعت خواهد بود. مسیریابی از جمله اقدامات اولیه عملیات طراحی یک مسیر بشمار می رود و به علت نقش بسزائی که در چگونگی قرارگیری مسیر در ارتباط با سایر تأسیسات، محیط و عوارض مجاور خود از یک طرف و تأثیر قابل توجهی که در هزینه های اجرایی مسیر از طرف دیگر دارد باید مورد بررسی دقیق قرار گیرد. هدف از این تحقیق ارزیابی استفاده از روش منطق فازی برای تعیین مسیر بهینه خط راه آهن بین شهری یزد- اردکان با در نظر گرفتن جنبه های زیست محیطی و عوامل تاثیر گذار بر تعیین مسیر بهینه می باشد. در این روش با استفاده از عملگرهای Gama و Sum نسبت به مسیریابی بهینه قطار بین شهری یزد- اردکان اقدام گردید از بین دو مسیر استخراجی مسیر شماره یک که با استفاده از عملگر Sum ترسیم شده با توجه به دسترسی جمعیتی معادل 779589 نفر و طول 58547 متر از اولویت بیشتری نسبت به مسیر شماره دو برخوردار است.