در این مقاله ضمن تشریح مکتب نجف و مکتب قم در مقام دو مکتب مهم و تأثیرگذار در تاریخ حوزه های علمیه، مبانی اندیشة سیاسی آیت الله طالقانی به تفصیل بررسی و در نهایت نتیجه گیری می شود که وی حد واسط این دو مکتب به حساب می آید.
مکتب نجف از کهن ترین مکاتب حوزه های علمیه است و از دیرباز به منزلة جریانی شناخته می شود که به دنبال تعمیم ولایت فقها در عصر غیبت در حوزة سیاست نبوده است. آخوند خراسانی را نماد این مکتب می دانند. مکتب قم نیز در جایگاه یکی از مکاتب مهم تاریخ حوزة علمیة قم قرار دارد که مؤسس آن امام خمینی (ره) است و شاخصة اصلی آن تعمیم ولایت در حوزة سیاست به شکل نظریة مترقی ولایت مطلقه و فقیه است که همان شکل تکامل یافته تر مکتب سامراست. از این رو آیت الله طالقانی در مکتب فقهی خود گرایش آشکاری به مکتب نجف و بزرگان آن از جمله میرزای نائینی دارد و از همین رو رسالة تنبیه الامه وی را حاشیه نویسی کرده است، اما در عمل به گونة روشنی بر همراهی با نماد مکتب قم (امام خمینی) تأکید دارد. به گونه ای که یکی از السابقون انقلاب محسوب شده است و تلاش های نظری آشکاری نیز برای معرفی اسلام به منزلة اندیشه ای اجتماعی و مخالف سکولاریسم دارد.
