تشکیلات کنونی بانک ها تداوم نظام بانکی قبلی است و پس از تصویب و اجرای قانون عملیات بانکی بدون ربا، تغییری در سازماندهی بانک ها ایجاد نشده است. تغییراتی که قبل از تصویب قانون، در سازماندهی بانک ها ایجاد شده محدود به ملی شدن و ادغام بوده است. در حالی که روح حاکم بر عملیات بانکی بدون بهره با نظام بانکی مبتنی بر بهره تفاوت دارد. نبود سازماندهی مناسب در نظام بانکی کشور باعث شده تا بانکداری کشور بدون ربا نباشد و کارایی لازم را نداشته باشد. سهم اندک سرمایه گذاری مستقیم بانک ها، بازگشت به سود تضمین شده، ناسازگاری واسطه گری با عاملیت، دور شدن از ماهیت عقود و انتخاب بد و خطر اخلاقی، مهمترین پیامدهای ناشی از عدم تغییر سازماندهی بانکی در ایران است. هدف این پژوهش ارائه الگویی برای سازماندهی مجدد نظام بانکی_ منطبق با نظام مالی بدون بهره_ در ایران است. در الگوی پیشنهادی، برای حفظ ماهیت واسطه گری مالی بانک، در نظر گرفتن شخصیت دوگانه حقوقی و وجود دو بخش پولی و سرمایه ای در عملیات بانکی متداول، بانک ها تنها وظیفه واسطه گری مالی را انجام می دهند و وظیفه سرمایه گذاری و عاملیت را به موسسات متناسب واگذار خواهد کرد. بدین ترتیب، سه تغییر در نظام بانکی فعلی صورت می گیرد. اول: محدود شدن وظایف بانک ها به افتتاح حساب جاری و پس انداز قرض الحسنه و انجام خدمات بانکی. دوم: عدم پذیرش سپرده های سرمایه گذاری مدت دار و واگذاری تدریجی آن به موسسات مربوطه. سوم: تبدیل بانک های تخصصی به بانک سرمایه گذاری. در این الگو، بهره از نظام بانکی حذف شده و با "کوچک" "و تخصصی شدن" نهادهای مالی، عدم تقارن اطلاعات کاملا کاهش می یابد و به دلیل عاملیت شرکت های سرمایه گذاری، سرمایه گذاری مستقیم افزایش پیدا می کند و توسعه اقتصادی کشور شتاب می گیرد.
