در سالیان اخیر مفهوم بوم سازگان نوآوری برای درک فرایند خلق ارزش مشترک رایج شده است. از طرفی باتوجه به اینکه نوآوری های ریشه ای در شکل گیری قابلیت های دفاعی یکتا نقش غیر قابل انکاری داشته و همچنین ازآنجایی که این نوآوری ها در شبکه ای از کنشگران مختلف به هم تکاملی می رسند، ضرورت نگاه بوم سازگانی بیشتر احساس می شود. در این پژوهش با رویکردی کیفی و در قالب راهبرد داده بنیاد چندگانه با استفاده از تاکتیک های تحلیل محتوای پنهان و با ابزار مصاحبه های نیمه ساختار یافته چارچوبی برای بوم سازگان نوآوری های ریشه ای در بخش دفاعی ایران معرفی شده است. مصاحبه شوندگان از میان مدیران ارشد حوزه نوآوری دفاعی و به روش نمونه گیری گلوله برفی انتخاب شدند و پژوهشگر بعد از 28 مصاحبه به اشباع داده ها رسید. یافته ها نشان داد که اجزای بوم سازگان نوآوری های ریشه ای شامل بازیگران، سرمایه، زیرساخت ها، مقررات، دانش، ایده ها، فصل مشترک و کانال های ارتباطی، فرهنگ و اصول ساختاری هستند.