یکی از ویژگی های اصلی نهضت پروتستان که در عملکرد رهبران آن، به ویژه مارتین لوتر نیز کاملاً ظهور و بروز دارد، مخالفت و تقابل با مرجعیت دینی در کلیسای کاتولیک و در رأس آن پاپ است. «نهضت اصلاح دینی»، نه با شخص پاپ یا نهادی خاص، بلکه با اصل مرجعیت پاپ و حاکمیت کلیسا ضدیت داشت. اصلاح طلبان پس از آنکه با تأکید بر شعارهایی مانند «فقط کتاب مقدس»، حجیت و مرجعیت مقامات و نهادهای کلیسایی را به چالش کشیدند، کوشیدند کتاب مقدس را «یگانه مرجع حقیقی دین» معرفی کنند؛ اما به علت آنکه برداشت های مختلف از کتاب مقدس همواره امکان پذیر است، این تغییر مرجعیت در عمل، مشکلات مهم تری را به وجود آورد که از آن به «بحران مرجعیت» یاد می کنیم. درواقع رهبران پروتستان به قصد اصلاح مرجعیت موجود، اصل بنای مرجعیت دینی را تخریب کردند و چنان هرج و مرجی به وجود آوردند که دیگر تلاش های خودشان هم برای بازسازی این بنا بی فایده بود و هرگز نتوانستند این آب رفته را به جوی بازگرداندند. چون خطر تأثیر پروتستانتیزم در جامعه اسلامی، به ویژه میان روشنفکران مسلمان همواره وجود داشته است، این مقاله با روشی توصیفی تحلیلی به بررسی علل و عوامل، فرایند شکل گیری و پیامدهای این مسئله پرداخته است.