روش شناسی یکی از ارکان مهم دستگاه واره فکریِ علم دینی است. گرچه به لحاظ رتبی، شناسایی روش مطلوب مطالعه علمی، تابعی از فلسفه عام در یک دستگاه واره علمی است اما به جهت دیگر، می توانند مقوم یکدیگر نیز باشند. هدف مطالعه حاضر، مقایسه روش شناختی علم رایج و علم دینی بود که حاصل آن شناسایی 8 تفاوت در این خصوص شد. تفاوت های کلیدی ای که بین علوم رایج و علوم انسانی اسلامی فرض شدند عبارت اند از: مبادی فلسفی، اهداف و غایات انسان، تعریف نظری و عملیاتی متغیرها، نحوه تدوین فرضیه ها، معیار صحت فرضیه، مطالعه لایه های عمیق تر پدیده ها، استفاده از روش های متنوع پژوهش و تعیین نظام موضوعات. در راستای شناسایی روش شناسی مطلوب علم دینی، حاصل برخی تأملات، منتهی به پیشنهاد و تبیین یک نمودار روش شناختی از منظر علم دینی گردید.