انقلابیون در سال های آغازین قیام مردمی در ایران علیه نظام شاهنشاهی با تاکید و اصرار بر مولفه های سلب مشروعیت از سلسله ی پهلوی، جریان مبارزه را سامان دادند. براین اساس نخبگان انقلابی در طیف مسلمانان پیرو روحانیت مبارز، بدون معرفی اجزای نظام سیاسی جایگزین، کلیت نظام مطلوب را با محوریت ولایت فقیه وارد سپهر سیاسی کشور کردند. شتاب و شدت فرایند فروپاشی رژیم محمدرضا پهلوی، پرسش های متعددی را در ترسیم مولفه های نظام سیاسی موردنظر رهبران انقلاب اسلامی متوجه آنان کرد که پاسخ گویی به آن ها به منظور همراهی ثمربخش و نتیجه ی نهایی نهضت مردمی، ضرورتی انکارناپذیر می نمود. استاد شهید مطهری به عنوان یکی از برجسته ترین شاگردان امام خمینی(ره) و مطرح ترین رهبران فکری انقلاب اسلامی، سعی کرد با مساعی مسئولانه و بهره گیری از اصول اساسی دین اسلام به همراه مقتضیات بومی و ملی ایران، چارچوب مشخصی را برای استقرار الگوی حکمرانی و نظم جایگزین حل مساله و غلبه بر چالش های پیش رو ارائه کند. یکی از مسائل اساسی نظام سیاسی از ابتدای تاسیس تاکنون، وضعیت و شرایط خاص جمهوری اسلامی ایران برای مواجهه و تعامل با مخالفان در بحران های داخلی و دخالت های خارجی بوده که حاکمیت را همواره درمعرض دیدگاه های متناقض از همدلانه تا مغرضانه قرار داده است. این مقاله با درنظرگرفتن نقش بی بدیل اندیشه و سیره ی علمی و عملی استاد شهید مطهری در تکوین فرآیند مبارزه و استمرار تاثیر آن در سال های پس از پیروزی انقلاب اسلامی؛ درصدد پاسخ به این سوال است: «از دیدگاه شهید مطهری، در الگوی حکمرانی نظام جمهوری اسلامی ایران، چرا و چگونه بایستی مدارای سیاسی اعمال شود؟» در ادامه با بهره گیری از روش داده بنیاد و محوریت مفهوم سازی، ضمن تعریف مدارا در اندیشه ی غرب و اسلام و تبیین جایگاه مولفه ی مدارای سیاسی در منظومه ی فکری استاد شهید، کاربست مدارای سیاسی در نظام جمهوری اسلامی ایران از دیدگاه ایشان در حوزه های سه گانه ی بینش، گرایش و کنش مورد بازخوانی و بازاندیشی قرار گرفته و تجویزهای راهبردی در مواجهه با چالش های موجود در این حوزه ارائه شده است.