فرایند سیاستگذاری فرهنگی به صورت کلی شامل سه مرحله تدوین، اجرا و ارزیابی می باشد. مرحله تدوین به عنوان زیربنا و پایه ی سایر مراحل، از اهمیت و حساسیت بیشتری برخوردار است و هر حاکمیتی سعی می کند با استفاده حداکثری از نظرات کارشناسان و خبرگان، به گونه ای سیاست های فرهنگی خود را تدوین کند که در مرحله اجرا با کمترین چالش و آسیب مواجه شود. در نظام جمهوری اسلامی ایران به دلیل ماهیت دینی و اسلامی نظام، حضور حوزه علمیه با شان "نماینده دین"، در تدوین سیاست ها یک ضرورت انکارنشدنی است. با گذشت نزدیک به چهار دهه از انقلاب اسلامی، نقش و جایگاه حوزه علمیه در این عرصه، فراز و فرودهای زیادی را تجربه کرده است و هنوز به جایگاه مطلوب خود نرسیده است. در این مقاله ضمن مصاحبه با 14 نفر از مسئولین و صاحب نظران در حوزه علمیه و حاکمیت و با استفاده از روش تحلیل مضمون، 63 چالش پیش روی کنشگری حوزه علمیه در تدوین سیاست های فرهنگی شناسایی شده است. این چالش ها در قالب سه مضمون کلان چالش های معرفتی، زمینه ای و مدیریتی طبقه بندی شده اند.