هدف پژوهش حاضر مقایسه ی دو مکتب اجتهادی نجف و قم با روش تحلیلی و توصیفی، و از طریق مقایسه ی آرای امام خمینی و سید احمد خوانساری است. امام خمینی ، نماد مکتب فقهی قم است که ادله ی اجتهادی را نظام وار و بر محور مقاصد کلان شریعت می نگرند؛ وجوب تشکیل دولت اسلامی تحت ولایت مطلقه ی فقیه، بنیان اندیشه ی سیاسی ایشان است. سید احمد خوانساری نیز نماد مکتب نجف است که دقت عقلی او در فقاهت بیش از توجه به عرف می باشد، از آن جایی که ایشان ادله ی اجتهادی را به صورت نظام وار و بر محور مقاصد شریعت نمی نگرند، بنابراین، دایره ی ولایت را صرفاً در افتاء، قضاء و حسبیه ی مضیّقه می بیند. دولت و اداره ی جامعه در اندیشه ی خوانسازی مسکوت است. در عین حال، مشروعیت دولت از باب ضرورت و اضطرار و وجوب حفظ نظام اجتماعی که دلیل مشترک دولت عرفی و اسلامی است، از اندیشه ی وی قابل استنباط می باشد