آراء فلسفی ملاصدرا بر قواعد کلی و جهت گیری های اخلاقی او (از این دو به مکتب اخلاقی تعبیر می کنیم) تأثیر گذار است. وجودشناسی ملاصدرا اخلاق را زیر مجموعه نظام هدفمند الهیاتی خود قرار داده و تلقی او از هستی و انسان پیامدهای متمایزی در مکتب اخلاقی وی داشته است. بنابر مبنای تجرد نفس ارتباط اعمال انسان و سرنوشت اخروی او و نیز بحث تناسخ باطنی (که با لزوم مراقبه و محاسبه اخلاقی مرتبط است) بستری مناسب می یابد. همچنین حدوث و بقاء نفس در نظر صدرا اهمیت رفتار بدنی در ترقی نفسانی را روشن می کند. تحول پذیری نفس و اسباب تحول آن بر لزوم مراقبه بر رفتارهای بیرونی و حتی نیات درونی در تبیین مکتب اخلاقی صدرا تأثیرگذار بوده است و مبنای قوای نفس و وحدت آن لزوم مداومت بر عمل صالح و پرهیز از عمل منافی ارتقاء وجودی را تبیین می کند. قاعده اتحاد عاقل و معقول نیز بر عینیت اخلاق و هویت وجودی انسان صحه می گذارد. اصالت و تشکیک وجود، لزوم جهت دهی اخلاقی رفتار در تقرب به خداوند را تبیین و قاعده سنخیت علت و معلول، ذاتی و غیر قراردادی بودن اخلاق در مکتب صدرا را مشخص می کند. حرکت جوهری و ارتباط ذاتی نفس و بدن، نفی نسبی گرایی اخلاقی را تبیین و مباحث فطرت نیز موضع صدرا در وحدت گرایی یا کثرت گرایی اخلاقی را مشخص می کند. بسیاری از معضلات مکاتب اخلاقی از جمله سؤال در مورد ذهنی یا عینی بودن اخلاق، تکلیف گرایی یا فضیلت گرایی در اخلاق، کثرت گرایی یا وحدت گرایی در گرایش های اخلاقی در نوع انسان، وظیفه گرایی یا نتیجه گرایی در اخلاق و ... در تفسیر حکمت متعالیه به سرانجامی روشن می انجامد.