آیت الله خویی از مراجع تقلیدی است که دوران حیات او از جنبه های مختلف قابل بررسی است؛ از سویی، عمده حیات مرجعیت او در دوران حزب بعث سپری گردید که تجریه رویارویی یکی از مراجع جوان نجف (آیت الله سید محمدباقر صدر) با حزب بعث به شهادت ایشان انجامید و از سوی دیگر، نظامی دینی به دست یک مرجع تقلید در همسایگی عراق تأسیس شد که دوران حیات و تثبیت خود را طی می کرد. این شرایط در کنار جنگ بین دو کشور ایران و عراق، شرایط ویژه ای را برای آیت الله خویی به وجود آورد. این شرایط از آیت الله خویی کارگزاری می سازد که کنش سیاسی او با ساختار (حزب بعث) مهم و برای فهم و تحلیل نهاد مرجعیت راهگشاست. از این رو دغدغه اصلی مقاله، تحلیل کنش سیاسی آیت الله خویی در دو دوره حسن البکر و صدام حسین برای فهم بهتر از مناسبات نهاد مرجعیت و سیاست در عراق است. دست آورد مهم مقاله را می توان در این نکته دانست که با توجه به شرایط نابسامان اجتماعی و استبداد سیاسی، اولویت ایشان، حفظ حوزه علمیه و کیان تشیع در عراق و منطقه و نیز برقراری نسبتی با نظام انقلابی شیعی در ایران بود