در عصر غیبت می توان از طریق برهان خلف نیز مشروعیت ولایت فقیه را اثبات کرد. با فرض خلف، یعنی فرض نفی حاکمیت فقیه در عصر غیبت، وضع از سه فرض خارج نیست: 1) حاکمیت طاغوت؛ بنابر نص کرایم قرآن و روایات، این فرض شرعاً ممتنع است. 2) عدم وجود حاکم: این فرض عادتاً ناممکن است و اگر ایجاد شود مستلزم اخلال نظام نوعی است. همچنین شرعاً جایز نیست. 3) حاکمیتی بین حق و باطل: این فرض محال است؛ زیرا اموری که به حق و باطل وصف شوند یا حق اند یا باطل و آنچه حق نباشد قطعاً باطل است؛ چراکه قرآن کریم فرموده فَما ذا بَعْدَ الْحَقِّ إِلاَّ الضَّلالُ ؛ واسطه ای بین حق و باطل وجود ندارد. بنابراین با ممتنع بودن هر سه فرض، هیچ راهی جز پذیرش حاکمیت فقیه وجود ندارد. اقامه برهان مستقیم برای اثبات ولایت فقیه سه مقدمه دارد: 1) تعطیل حدود الاهی در عصر غیبت با وجود امکان اقامه آن جایز نیست؛ 2) مجری این احکام باید احکام را بداند (فقیه باشد)؛ 3. مجری برای اجرا باید حق تصرف در اموال و نفوس داشته باشد (ولایت). مجموع این مقدمات وجود ولایت فقیه را واجب می کند.