صدرالمتالهین درباره مسائل جوهر و عرض همانند بسیاری از مسائل فلسفه اسلامی دارای نظرات خاصی است، اما در بسیاری از نوشته های خود بر اساس نظرات عام فلسفی بحث می کند و محقق را پیرامون نظر نهایی خود به اشتباه می افکند. این مقاله در صدد است تا بیان کند که در بحث اقسام جواهر نظر صدرا آن است که جوهر، جنس الاجناس نبوده، اقسام جوهر نیز هیچ کدام از قبیل ماهیات نیستند، بلکه اختلاف آنها به وجود و نحوه وجود آنها باز می گردد. ماهیات اموری هستند فارغ از آنکه جسم یا عقل یا برزخ میان آنها باشند.
نفس انسانی نیز به واسطه سعه وجودی خود می تواند از عالمی به عالم دیگر قدم گذارد و با حرکت جوهری و اشتداد مرتبه وجودی خود، با محسوس و متخیل و معقول متحد شود. بنابراین، نفس نیز از سنخ ماهیات نیست. صورت جوهری نیز که عین فعلیت و هویت اشیاء است، از سنخ وجود است. هیولا تنها جوهری است که به روشنی مشخص نیست که صدرالمتالهین آن را از سنخ ماهیات می داند یا خیر.
همچنین این مقاله به نظر ملاصدرا پیرامون تعریف جوهر و عرض، اقسام جوهر و میزان در تشخیص جوهر از عرض می پردازد.
بنابر قاعدة فرعیت، ثبوت محمول برای «موضوع» فرع ثبوت مثبت له (موضوع) است، نه فرع ثبوت محمول ثابت (محمول). بر این قاعده، در مواردی از جمله در حمل ذاتیات بر ذات و حمل وجود بر ماهیت اشکال میشود. این اشکال، پاسخهای گوناگونی دارد. یکی از پاسخها این است که قاعده در هلیات بسیطه جاری نمیشود؛ زیرا مفاد آن همچون ثبوت محمول برای موضوع (ثبوت شی لشئ) نیست. پاسخ دقیقتر از صدرالمتألهین است که بنابر اصالت وجود، ماهیت عارض بر وجود و فرع بر آن است و در واقع، قضیه از باب عکس الحمل است.
مفاد دیگر قاعده این است که ثبوت محمول برای موضوع، فرع ثبوت محمول نیست. چه بسا محمول عدمی بوده و برای موضوع، ثابت باشد. از نظر صدرالمتألهینـ پیرو شیخ الرئیسـ تا محمول وجود نداشته باشد، صفت برای موضوع قرار نمیگیرد. بنابراین، محمول عرضی گونهای موجود است.