نظریه تکامل را چارلز داروین ابتدا در دانش زیست شناسی مطرح کرد، اما گذشت زمان نشان داد این نظریه محدود به حوزه زیست شناسی نماند و امروزه در شاخه های مختلف علوم انسانی مورد توجه قرار گرفته است. در این میان، تفسیر الحادی از این نظریه را، که امروزه در بستر الحاد تکاملی جدید روی داده است، می توان از جمله موانع جدی به منظور اسلامی سازی علوم انسانی تلقی کرد. از سوی دیگر علامه مصباح یزدی را می توان از پیشگامان پروژه اسلامی کردن علوم اسلامی قلمداد کرد. مسئله مقاله حاضر این است که تأثیر الحاد تکاملی جدید بر مبانی علوم انسانی با محوریت آرای استاد مصباح یزدی نقد و ارزیابی شود. گردآوری داده ها به روش کتابخانه ای-اسنادی و صورت گرفته و برای داوری از روش تحلیلی (عقلی) سود جسته ایم. یافته پژوهش نشان می دهد دعاوی ملحدان جدید از حیث اشکالات معرفت شناختی، الهیاتی و دین شناختی به شدت آسیب پذیر است.