طبیعت گرایی در جهت دهی به علم مدرن و نقش آفرینی در مسائلی مانند تعیین روش، گستره و کارکرد علم، همچنین تبیین و ضابطه گذاری در رابطه علم و دین و اخلاق تأثیر فراوانی داشته است. همچنین برخی از اشکال آن از این حد فراتر رفته و مانند یگانه مرجع آنچه وجود دارد و نیست و اینکه کدامین سخن را می توان معرفت دانست یا باید از جرگه معرفت خارج انگاشت، تلقی شده است. این مسئله ضرورت بخش کاوش در آن برای فیلسوفان علم و هم مسائل الهیاتی و فیلسوفان دین و اخلاق بوده و به طور ویژه داعیه داران تحول علم در هماهنگی با تعالیم دینی را به تحقیق و تعمیق دقیق و جدی فرامی خواند؛ از این رو مقاله حاضر طبیعت گرایی هستی شناختی و روش شناختی قوی و ضعیف و نسبت آن با علم را بررسی و به روش عقلی- تحلیلی سنجیده است. نتیجه اینکه طبیعت گرایی هستی شناختی و روش شناختی قوی، ضمن اشکالات مختلف و نارسایی های تبیینی، انسجام منطقی و بنیاد معرفتی استواری در علم و فلسفه ندارند و پیش فرض انگاری آن برای دانش سزا نیست. طبیعت گرایی روش شناختی ضعیف هم نه می تواند کارکرد مثبتی در پویایی و تکامل دانش داشته باشد و نه انضباط علمی بدان وابسته است؛ ضمن آنکه با خلأ منطق مدون در تقسیم کار معرفتی و حل تعارضات مواجه است.