در مکتب اسلام در مبحث هستی شناسی، جهان آفریده و دارای جهت الهی است. واقعیت نیز اعم از مشهود و غیب است. ابزار شناخت و کسب معرفت انسان علاوه بر حس و عقل ابزاری، عقل نظری و قلب نیز به شمار می آید. به این ترتیب می توان گفت روش شناسی تولید علم در آن پیچیده تر از اصالت دادن به تجربه است. این مقاله با توجه به ارزش ها و اخلاق بنیادی اسلامی به مبحث روش شناسی پرداخته است. یافته های تحقیق با روش مباحثه طی حدود 1000 ساعت گفت وگو با حدود 20 استاد مسلمان رشته های مختلف علوم انسانی و علوم اسلامی درباره انواع روش شناسی های سکولار و با مبانی اسلامی به دست آمده و جمع بندی شده است. با توجه به اندیشهٔ متفکران اسلامی در جهان هستی، موجودات دارای سه بعد زمان، مکان و جهت هستند. در مبحث معرفت شناسی، با اتکا به قرآن کریم میان اندیشمندان اسلامی این توافق وجود دارد که ابزار شناخت حس، عقل و قلب هستند.از اینجا می توان نتیجه گرفت که هر وجود یک وجه محسوس، یک وجه تعقلی و یک وجه تعلقی دارد؛ پس باید در روش شناسی، برای تولید علم به مطالعه سه بعد گفته شده از هر موضوع با توجه به سه وجه ابزار شناختی آن مبادرت کرد. با ضرب کردن این دو سه بعدِ هر وجود در یکدیگر جدولی نه خانه ای به دست آمده است که اوصاف موضوع و مفاهیم لازم برای بررسی یک شناخت کامل تر را در اختیار ما قرار می دهد. از این جدول و با توجه به مباحث صورت گرفته به طراحی یک الگو برای مطالعه دست یافته ایم که در این مقاله معرفی شده است.