بررسی و شناخت ترکیب بندی اندام های بنیادین مساجد دوره صفوی شهر اصفهان با تاکید بر طبقه بندی آن ها سبب می شود تا بتوان با بهره گیری از این الگوها در لایه های کالبدی و همچنین معنایی، در معماری مساجد جدید، آن ها را تداوم بخشید. در این راستا تحقیق حاضر با هدف شناخت این الگوها تدوین گردیده است. روش تحقیق در این نوشتار توصیفی– تحلیلی بوده و از مطالعات کتابخانه ای و مشاهدات میدانی برای گردآوری اطلاعات استفاده شده است. یافته های تحقیق حاکی از آن است که مساجد دوره صفوی اصفهان را می توان به سه دسته مساجد شبستانی، گنبدخانه ای و شبستانی- گنبدخانه ای طبقه بندی نمود که هر یک از دسته های فوق را می توان براساس اندام های اصلی و محورهای فضایی و وضعیت قرارگیری نسبت به بافت شهری به دسته های مجزا دسته بندی نمود. در طبقه بندی عنوان شده، هر الگو گسترش یافته الگوی قبلی است و در نهایت تکامل یافته ترین نوع الگو، الگویی با حفظ تعین هندسی اندام های اصلی معرفی می شود، مساجد امام و حکیم از این قبیل هستند.