امروزه توجه به نوآوری در رشد و توسعه اقتصادی کشورها، به عنوان یکی از موضوعات کلیدی پژوهش های اقتصادی و یکی از مسائل مهم مدیریتی، پیش روی سیاست گذاران، از اهمیت بسزایی برخوردار است. ازاین رو، توجه به نظام ملی نوآوری نیز در این راستا بسیار ضرورت می یابد. در این پژوهش، به منظور مقایسه کارآیی نظام ملی نوآوری ایران با کشورهای موضوع سند چشم انداز ۱۴25 و دو کشور چین و کره جنوبی (به عنوان دو کشور موفق در سیاست های همپایی فناورانه)، از مدل تحلیل پوششی داده های دو مرحله ای متصل در بازه زمانی 2011-2016 استفاده شد. در ابتدا، کارآیی مرحله خلق ابداعات و اختراعات برای کشورهای منتخب، سنجیده شد و کارآیی کل نظام با لحاظ مرحله تجاری سازی ابداعات و اختراعات، محاسبه گردید. سپس، با استفاده از مدل توبیت، تأثیر عوامل محیطی بر کارآیی نظام ملی نوآوری کشورهای منتخب، مورد بررسی قرار گرفت. یافته های پژوهش، حاکی از آن است که در مقایسه با سایر کشورهای مورد مطالعه، هرچند کشور ایران در مرحله خلق ابداعات و اختراعات، روند رو بهبودی دارد و می توان انتظار داشت با ادامه روندهای موجود به کارآیی دست یابد، اما با لحاظ کردن مرحله تجاری سازی ابداعات و اختراعات، نظام بسیار ناکارا عمل کرده، و این ناکارآیی، روندی ثابت داشته است. به منظور افزایش کارآیی سیستم ملی نوآوری، بهبود مؤلفه حکمرانی و تقویت همکاری دانشگاه با صنعت، از مهمترین سیاست های پیشنهادی این پژوهش برای کشورها، و به صورت خاص برای کشور ایران، است.