«نظریه شبکه مسائل» یکی از سه ضلع مثلث تحول در علوم انسانی از منظر روش شناسی است. این نظریه، در کنار نظریه فحص جامع و نظریه اجتهاد سیستمی، اضلاع تحول (مدل تحول) در علوم انسانی از منظر روش شناسی را تشکیل می دهد. این مدل، بیانگر چگونگی تحول در علوم انسانی برای حرکت از علوم انسانی سکولار به سمت علوم انسانی اسلامی از منظر روش شناسی است. هدف از نظریه شبکه مسائل، برداشتن گام اول از مدل تحول در علوم انسانی و زمینه سازی برای تولید علم دینی در موضوعات و مسائل علوم به ویژه علوم انسانی است. این نظریه، به این پرسش پاسخ می دهد که چگونه می توان یک موضوع را تجزیه مفهومی کرد و شبکه گسترده ای از متغیرها و مسائل مرتبط با آن موضوع را به دست آورد. اهمیت و کاربرد این نظریه به صورت ویژه در حوزه علوم انسانی، تولید شبکه مسائل علوم انسانی در شاخه ها و رشته های مختلف علوم انسانی است. این نظریه، در پارادایم شبکه ای، با راهبرد تحلیل مفهومی، با رویکرد فلسفی و با ابزارهای چهارده گانه تحلیلی، به توصیف، تبیین و توجیه قدم به قدم مراحل تولید شبکه متغیرها و مسائل در موضوعات مختلف می پردازد.