ماهیت پیچیده و بین رشته ای مطالعات تمدنی، سطحی فراتر از روش های تخصصی علمی و رویکردهای متفاوت مطالعات تمدنی دارد. تأکید بر هر یک از این روش ها و رویکردها و غفلت از رویکردهای دیگر، تفکر تمدنی را دچار تقلیل گرایی خواهد کرد. هدف این پژوهش ارائه روش پژوهی به عنوان یک ساختار فکری مجموعه نگر است که به واسطه آن رویکردها و روش های مختلف علمی به نحو بنیادی، راهبردی و کاربردی در حوزه مطالعات تمدنی با یکدیگر مرتبط می شوند. در این پژوهش تلاش شده است تا با روش تحلیلی و مدل سازی چگونگی کاربرد روش پژوهی در مطالعات تمدن اسلامی بررسی شود.