طبیعت گرایی روش شناختی، یعنی حذف علل ماورائی در تبیین طبیعت، چه وضعیتی در تاریخ تفکر غرب دارد و در چه فرایندی به عنوان اصلی ترین ویژگی علم جدید (science) شناخته شد؟ با بررسی تاریخی تفکر غرب مشخص می شود که ریشه طبیعت گرایی روش شناختی به پایان دوره اسطوره و آغار تفکر فلسفی می رسد. در یونان باستان، به استثنای فلوطین و تا حدی افلاطون، گفتمان غالب در شناخت طبیعت اکتفا به علل طبیعی بود. در اوایل قرون وسطی، به دلیل گرایش به افلاطون و فلوطین، ماوراءگرایی و استناد به معرفت وحیانی روش دانشمندان در شناخت طبیعت بود. اما در اواخر قرون وسطی، به دلیل نفوذ ارسطو، روش طبیعت گرایانه به فضای علمی غرب بازگشت. با نقد ارسطو در رنسانس و انقلاب علمی در قرون شانزدهم و هفدهم شیوه جدیدی از طبیعت گرایی روش شناختی به عنوان روش علم پذیرفته شد. فیزیک کلاسیک با نگاه دئیستی به عالم و نظریه تکامل با طرد هر گونه طرح و نظم الهی طبیعت گرایی جدید را در فضای علمی تثبیت کردند و همچنان این مشخصه به عنوان پارادایم علم شناخته می شود.
