سید مرتضی، در کنار شیخ مفید، راهبری دو خط فکری در مدرسه کلامی بغداد را به عهده دارند. زمانه و زمینه علمی و فرهنگی آن دوران با حضور پررنگ و پرقدرت جریان کلامی اعتزال همراه و همزمان است، دورانی که امامیه تازه دوران خمود و خموشی کلام را پشت سر نهاده و با جریانی کلامی مواجه است که تمام میدان روش و ادبیات کلامی را از آن خود ساخته است. سید مرتضی و شاگردانش در چنین محیطی نسبت به ماهیت اراده خداوند نظریه پردازی می کنند و با گذشت و عبور از آنچه پیشینیان امامیه در مدرسه کوفه بدان اعتقاد دارند، تا اندازه ای به تبیین اعتزالی اراده الهی نزدیک می شوند. اراده خداوند اگر پیش تر در مدرسه کوفه امری حادث بود، که نه در ذات جای داشت و نه از ذات بریده بود، و اگر در نظر شیخ مفید به نفس الفعل و شی ء مکوّن خارجی شناسانده می شد، در دوران سید مرتضی و پس از او، اگرچه همچنان حدوث خویش را حفظ می کرد و به داعی و علم تحویل برده نمی شد، اما به لحاظ وجودشناختی چونان تلقی رایج معتزله بصری، در قالب حادث لافی المحل تبیین شد. خط فکری سید مرتضی در بغداد این ایده را تقویت می کرد و پوشش می داد.