گاهی با وجود سپری شدن مدت مزارعه، به دلیل وقوع عوامل قهری، محصول نرسیده است و برداشت شدنی نیست. در این وضعیت، حقوق عامل و مزارع تزاحم پیدا می کند. در متون فقهی، اختلاف اصلی بر سر قلع و ابقای زرع است. در حالی که مشهور فقها، مزارع را بر قلع مجانی زراعت مسلط می دانند، برخی از ایشان منکر چنین سلطنتی هستند و بعضی نیز در مقام جمع بین حق مزارع و حق زارع، به ابقای معوض زراعت معتقدند. دیدگاه اخیر در قانون های برخی از کشورهای اسلامی (از جمله مصر) نیز پذیرفته شده است. در حقوق ایران، ماده 540 ق.م. در این زمینه صراحت دارد. با این حال، عده ای بر این باورند که تفسیر منطقی این ماده مقتضی آنست که قلع زرع، کیفر مدنی تفریط زارع باشد. اما این تفسیر با اطلاق قاعده تسلیط منافات دارد و با توجه به پیشینه فقهی بحث و کاربرد واژه «اتفاقاً» در کلام قانونگذار ضعیف است و در مقابل تفسیر تاریخی رنگ می بازد. از سوی دیگر، برخی از طریق قیاس عقد مزارعه با اجاره معتقدند که ماده مذکور با ماده 504 ق.م. در باب اجاره تعارض دارد. با وجود این، توهم تعارض را باید از ذهن زدود، زیرا نه تنها تصور انشای دو حکم متعارض در یک مجموعه قانونی خلاف منطق قانونگذاری است، بلکه موضوع دو ماده مذکور نیز با یکدیگر تفاوت دارد. وانگهی، مزارعه بر خلاف اجاره عقدی مشارکتی است و استحقاق مزارع بر قلع زراعت تنها در صورتی تحدید شدنی است که یا ابقای زرع برای مدت معین شرط شود یا اینکه معمول و متعارف باشد.
