صدرا، بسیاری از یافته ها و نوآوری های موجود در حکمت متعالیه را مدیون بهره مندی از دین و شهود دانسته است. او، تأثیر دین بر حکمت و حکما را در دو مرحله بررسی کرده است. در مرحلة اول، دین، حکمت و حکما را از نگاه ماهیت بین و کثرت بین می رهاند و به نگاه وجودی ارتقا می دهد. بر این اساس، نگاه وجودی این مطلب را برای حکیم میسّر می کند که به فهم صحیحی از بعضی آموزه های دین که بدواً با احکام عقلی معارض دیده، دست یابد. این فهم صحیح موجب می شود که حکیم، به تثبیت عقلیِ بسیاری از آموزه های دینی موفّق گردد. در مرحلة دوم، تأثیر دین بر حکمت موجب ارتقاء مجدّد نظرگاه حکیم و مبانی حکمت می شود، و صدرا نتیجة این ارتقا را در دو بُعد برشمرده است: از یک سو، حاصلِ این ارتقاء، فهم تأویلات قرآنی است؛ و از سوی دیگر، حاصلِ این ارتقاء، دست یابی به اوج حکمت است؛ یعنی فهم واقع آن چنان که هست. عبارات صریح ملاصدرا نشان از آن دارد که او، در حیات فلسفی خود همین سیر را پیموده و حکمت متعالیه نیز متناسب با همین سیر شکل گرفته است. نهایتاً این مطلب مورد تأکید قرار می گیرد که صدرا، در استفاده از دین و شهود، از الگوی پژوهشی فلسفی صحیح بهره برده و بدین ترتیب، هر چند حکمت متعالیه کاملاً مرهون دین است، اما قواعد حکمت و روش عقلی برهانی را رعایت کرده است.
