پژوهش حاضر، از طریق بررسی روش شناسی نظریه علمای ابرار در کتاب مکتب در فرآیند تکامل، به نقد آن پرداخته است. ابتدا با بررسی دقیق مباحث این کتاب و شیوه ارجاع و استدلالی که مؤلف در اثبات نظر خود به کار برده است، تبیینی از روش پژوهش ایشان ارائه و سپس اشکالات روش ایشان بررسی میشود.
مؤلف این کتاب در روش تحقیق خود دچار برخی اشکالات کلّی است که مختص به علم خاصی نیست؛ ازجمله:
عدم ذکر مستند در برخی مباحث مهم، تحلیل غیرروش مند، مغالطه در استفاده از منابع، کاربرد معیار غیرمعتبر و عدم تمایز بین اعتقادات امامان و برخی از عوام شیعه.
علاوه بر آن، اشکالاتی در روش شناسی کلامی، حدیثی، تاریخی و رجالی این نظریه مشهود است. بنابراین روش شناسی این نظریه براساس روش متداول در هرکدام از علوم مذکور بررسی و اشکالات آن تبیین شده است.
نتیجه آنکه، این نظریه ازجهت روش تحقیق دچار اشکال است و برآیند درستی به دنبال ندارد.