با بررسی آرای کلامی و فلسفی امام خمینی(ره) در مساله شر به دست می آید که در عالم هستی، شر محض یا کثیرالشر، محقق و مجعول بالذات نیست و برخی از این شبهات، ناشی از عدم تفکیک صحیح شر ذاتی از عرضی است.
ایشان ضمن تقسیمی نو از مساله شر معتقد است هر موجودی را می توان با سه دسته از موجودات مقایسه نمود: علل، معالیل و موجودات هم عرض آن. دو دسته اول به علت تلائم کامل میان آنها نمی توانند به یکدیگر شر برسانند و مضر باشند. تنها در موجودات هم عرض است که اضرار یا تنقیص یکدیگر ممکن است؛ اما اینکه این دو موجود، ضرر و شرشان به موجودات مساوی و هم عرض خویش، بیش از نفع آنها باشد، مردود است. ایشان با اشاره به اقسام متصور شر، که نخستین بار ارسطو آن را ارائه کرد و میرداماد تکمیل نمود، اقسام دیگری را به آن افزوده اند. سپس با اقامه دلیل عقلی، عدم امکان وجود شر واقعی را اثبات می نمایند. هم چنین نظریه علامه مجلسی در بحث مخلوق بودن خیر و شر را تفصیلاً به چالش می کشند.
