مساله شر، یکی از مسایل بنیادی در نظام های الهیاتی، به ویژه در فلسفه اسلامی بشمار می آید. فلاسفه مسلمان شر را به امر عدمی، اعم از عدم ذات یا عدم کمال ذات، تحلیل نمودند. صدرالمتالهین از نظریه نیستی انگاری شر دفاع کرده و آن را برهانی دانسته است. این نظریه با معضلی به نام شر ادراکی مواجه است که بنابر ادعای آن، بعضی از وجودات، بالذات، به شر متصف می شوند. اما او دراین باره یکسان نمی اندیشد. بیان تحول دیدگاه ملاصدرا در این مساله، مهم ترین یافته تحقیق حاضر است. منشا این تحول تاثر ملاصدرا از نصوص دینی (آیات و روایات) است.