معماری ایران تحت تأثیر حمله مغولان و سیطره آنان بر سرزمین ایران، دستخوش تغییرات زیادی شد. این تغییرات به ویژه در بناهای مذهبی به جامانده از قبل، به وفور دیده می شوند. تغییرات رخ داده گاه انسجام فضایی بنا را چنان بر هم زده اند که رابطه پشتوانه های دینی-مذهبی این بناها با ویژگی های کالبدی آنها کاملاً مغشوش به نظر می رسد. از این رو، پژوهش حاضر بر آن است تا به موازات هم از دو جهت به تبیین موضوع بپردازد؛ نخست با بررسی تحولات تاریخی در این دوره، گرایش های اعتقادی مردم و حاکمان وقت را بازخوانی کرده و دریابد با تغییرات اعتقادی در حکام ایلخانی، چه دگرگونی هایی بر بناهای مذهبی این دوره به وجود آمده اند؟ پژوهش در این بخش به روش تاریخی مبتنی بر شواهدی از متون و اسناد تاریخی است. در بخش دوم، شش نمونه شاخص بناهای به جامانده از این دوره، مورد بررسی قرار گرفته است. در این بخش به کمک مطالعات میدانی، مؤلفه های تغییریافته در بناها شناسایی و دسته بندی شده و چگونگی این تغییرات روشن شد. مقاله حاضر نشان می دهد در آغاز سده هفتم هجری تحت تأثیر درگیری های مذاهب شافعی و حنفی، تخریب عمده ای در بناهای وابسته به این مذاهب صورت گرفت. در ادامه به واسطه از بین رفتن گرایش اعتقادی غالب در حکومت مرکزی و رواج اعتقاد به شمنیسم و بودایی، معابدی از این دست ساخته شدند. در نیمه دوم سده هفتم ه.ق. ادیان مسیحی و یهودی به واسطه تمایل حکام وقت، امکان اشاعه بیشتری یافتند و متعاقب آن، بناهای دینی جدیدی احداث شدند و در مواردی بناهای جدید، بر پایه بناهای مذهبی تخریب شده پیشین ساخته شدند. نهایتاً در اواخر قرن هفتم و اوایل قرن هشتم ه.ق. درگیری بین مذاهب مختلف سنی و شیعه کاهش یافت و ساخت وساز ابنیه مذهبی نیز رواج بیشتری داشت. نتایج این تحقیق نشان می دهند همان طور که گرایش های اعتقادی حکام ایلخانی در این دوره بارها تغییر نموده، بناهای مذهبی نیز با تغییرات زیادی چه در سازمان فضایی و چه در تزئینات و نقوش مواجه شده اند.